Inaugurada no dia 16 de maio de 2006, a Faculdade UnB Planaltina nasceu dentro do planejamento estratégico de expansão da Universidade de Brasília que visa, não só a ampliação da oferta de vagas no ensino superior gratuito de boa qualidade para a população do DF e Entorno, como também, a implantação de cursos superiores comprometidos com o desenvolvimento regional.

Dentro da Missão Institucional da UnB de produzir, integrar e divulgar conhecimento, a Faculdade UnB Planaltina tem, dentre seus princípios norteadores, a preocupação em oferecer uma formação profissional comprometida com a realidade regional, para resgatar e valorizar sua cultura, identificar seus problemas socioeconômicos e apontar as possíveis soluções.

A Faculdade UnB-Planaltina (FUP) foi implantada antes do programa de expansão do ensino superior do governo federal. Em 2005 A UnB publicou um Plano Básico de Expansão que considerava 4 campi dispostos em 4 Regiões de Influência do Campus UnB escolhidas por meio de características econômicas e geográficas das RA’s do DF. O campus de Planaltina correspondia a RIC II que agregava Planaltina, Sobradinho, Brazlândia, Sobradinho II; Formosa, Buritis, Cabeceiras, Planaltina de Goiás, Vila Boa e Água Fria de Goiás.

O campus da Universidade de Brasília (UnB) em Planaltina foi oficialmente inaugurado no dia 16 de maio de 2006. Nesse dia, já abrigava 70 estudantes matriculados nos cursos de Licenciatura em Ciências Naturais e Bacharelado em Agronegócios e dez professores doutores.

O primeiro vestibular foi realizado no dia 26 de março, de maneira descentralizada, em três localidades: Planaltina/DF, Sobradinho/DF e Formosa/GO. Para a seleção, a universidade adotou um programa de inserção social que dá um acréscimo de 20% na nota final das provas objetivas dos classificados que estudaram o ensino médio em escolas públicas da região. As cidades são: Brazlândia (DF), Planaltina (DF), Sobradinho (DF), Sobradinho II (DF), Água Fria de Goiás (GO), Cabeceiras (GO), Formosa (GO), Planaltina de Goiás (GO), Vila Boa (GO) e Buritis (MG). As aulas começaram no 17 de abril.

Em 2007 foi iniciada a Licenciatura em Educação do Campo e em 2008 os cursos noturnos de Gestão Ambiental e Licenciatura em Ciências Naturais.